O Instituto Aggeu Magalhães desenvolve um trabalho sistemático de pesquisa e de ensino visando à prevenção e ao controle de doenças endêmicas agudas e crônico-degenerativas no Nordeste. A instituição vem ampliando suas atividades no campo do desenvolvimento de imunobiológicos, métodos de diagnóstico e no desenvolvimento tecnológico, com o intuito de contribuir com a melhoria das condições de saúde dos brasileiros. Para atuar de forma ativa na sociedade, o IAM é presidido por uma Diretoria geral, subdivida em três vice diretorias de Ensino, Gestão e Pesquisa, que dão insumos para que a equipe do IAM possa atuar de forma ampla na sociedade.