O laboratório de alta complexidade do IFF tem como objetivo desenvolver o diagnóstico de patologias como imuno-deficiência primária, sífilis e malformação congênitas, infecções, entre outras.

Em 2010, o IFF é certificado pelo Ministério da Saúde como uma das instituições da Rede Brasileira de Avaliação de Tecnologias em Saúde (REBRATS).